A la llegada de los conquistadores, el territorio de Peñaflor era conocido como Curamapu, que significaba «tierra de la piedra».
Posteriormente, los españoles le dieron por nombre Carrizal, sin embargo, ambas denominaciones se fueron alternando hasta desaparecer hacia fines del siglo XVIII, siendo sustituidas por Peñaflor; designación que había sido dada por la familia Lisperguer, a la gran hacienda situada al sur del Cerro La Virgen.
Otros nombres autóctonos que persistieron en el territorio fueron Malloco, que significa «agua de greda» y Pelvín, cuya población indígena fue entregada en encomienda a Juan Fernández de Alderete y Santiago de Azócar, respectivamente.
También los españoles crearon las doctrinas religiosas en la zona. Es el caso de la de Tanco o Malloco, que fue erigida en el año 1579, siendo una de las más antiguas de Chile. Desde este lugar se propagó la evangelización de todo el territorio. Símbolo de identidad de la comuna es la imagen del Niño Dios de Malloco. En otro ámbito, las grandes estancias ganaderas y haciendas agrícolas, como la de Peñaflor, Malloco, la de los Erazo, la de Pelvín y la de de Ortiz de Urbina, fueron la base de la economía colonial.
En esa época, los indígenas emplazados en Curamapu fueron reducidos al sector de El Muelle, perdiendo así, abruptamente sus tierras, las que fueron rematadas por las autoridades coloniales para favorecer a los grandes terratenientes.
Ya durante el siglo XIX, Peñaflor comenzó a subdividirse en pequeñas propiedades conocidas como quintas y se convirtió en el balneario de la aristocracia.
Las fiestas de carnaval, como los corsos de flores, y los paseos campestres, fueron, en aquellos años, la expresión de una «dolce vita» peñaflorina, de la cual fueron herederas las Fiestas de la Primavera y la Semana Peñaflorina.
La mayor expresión de localidad-balneario fue la concreción de El Trapiche, inaugurado en el año 1930. Este parque nació con un sello algo aristocrático, sin embargo, pronto se transformó en el balneario masivo por excelencia, con varias quintas de recreo, donde comenzó a brotar la esencia de la cultura popular.
La belleza y verdor de Peñaflor propició que las familias más adineradas de la capital construyeran elegantes casas. Esto es posible de observar aún en calles como La Concordia o Los Canales, siendo la más emblemática de todas, la mansión conocida como El Reloj, ubicada justo en la esquina de las calles Irarrázaval con Manuel Rodríguez. También hubo en Peñaflor pequeños, pero lujosos hoteles.
Administrativamente, Peñaflor perteneció en tiempos de la Colonia al partido de Santiago. Una vez creada República, fue subdelegación del Departamento de La Victoria, cuya capital era San Bernardo. Éste, a su vez, era gobernado por la Municipalidad de La Victoria, de la que Peñaflor fue subdelegación hasta el 22 de diciembre de 1891, fecha en la cual fue creada, oficialmente, como comuna, teniendo como subdelegaciones el propio Peñaflor y Santa Cruz y La Esperanza, estas dos últimas, actualmente, pertenecientes al territorio de la comuna de Padre Hurtado.
LA LLEGADA DE BATA
Un notable impulso al desarrollo de Peñaflor se produjo con la instalación de la Industria de Calzados Bata en el año 1939, la que brindó empleo a miles de peñaflorinos, cambiando la faz de un pueblo apacible y semirural, por otra con un marcado sello industrial.
La presencia de Bata se manifestó en todos los aspectos de la vida de los peñaflorinos, no sólo en el laboral, sino que también en el deportivo y social. También provocó la transformación de la mano de obra y atrajo a cientos de familias a radicarse en Peñaflor. Cabe destacar que los trabajadores batinos fueron los grandes promotores del mayor movimiento cooperativo, a través del cual pudieron obtener sus viviendas propias.
Este gran movimiento habitacional se gestó a partir de 1957, con la Cooperativa La Unidad, continuando en 1959 con la Cooperativa Peñaflor y en la década del 60 con la Unión de Cooperativas, entre otras.
Durante la década del 80 y 90, progresivamente, comenzó a instaurarse en el país un modelo económico, que propició una paulatina decadencia de la industria nacional, hasta llegar a la desaparición total de Bata, pues se favoreció importación de calzado a menores costos.
En contraste, durante la década del 90 y 2000, comenzó a multiplicarse el desarrollo inmobiliario en la comuna. Antiguas casas quintas emplazadas en grandes terrenos, comenzaron a dar paso a villas y poblaciones.
Actualmente, la comuna de Peñaflor posee 90.201 habitantes y desde el año 2016 comenzó una nueva etapa en su historia, bajo el liderazgo del Alcalde Nibaldo Meza Garfia, destacando su desarrollo cultural, con un sinnúmero de actividades, un proceso de modernización de sus servicios municipales, el fomento productivo y apoyo a emprendedores – a través de su Centro Municipal de Desarrollo Económico (Cemdel) obras de infraestructura pública, fomento de su educación pública, a través de su Departamento de Educación (Daem), mejoramiento en su servicios de salud, a través de la creación de nuevos centros (Centro Integral de Salud Las Praderas, Centro de Evaluación y Medicina Deportiva, Centro de Terapias Complementarias, nuevas dependencias del Cosam, entre otros), potenciamiento de sus organizaciones comunitarias, ordenamiento de las finanzas municipales y la gestión constante en la postulación de proyectos en beneficio de la comunidad.